O catolicismo é a religião dominante no estado, e também a primeira forma organizada de culto que se introduziu no país, desde a celebração da primeira missa no Brasil. Em Salvador foi erguida a primeira igreja em solo brasileiro, graças à Catarina Paraguaçu, onde hoje é o bairro da Graça. A capital baiana possui centenas de templos católicos, sendo a cidade a sede do governo católico no país, morada do Arcebispo Primaz. A padroeira do estado é Nossa Senhora da Conceição da Praia, cujo templo é alvo de culto. Apesar disso, o mais famoso é o culto ao Senhor do Bonfim, sendo considerado popularmente como padroeiro. Possui ainda centro de peregrinação de Bom Jesus da Lapa, alvo de romarias anuais. Possui ainda a Arquidiocese de Vitória da Conquista. Ressalta dentro do catolicismo as figuras das freiras Joana Angélica e Irmã Dulce.

O sincretismo, entretanto, com as religiões de origem africana, que na Bahia mais que em qualquer outra parte do país se mantiveram vivas, veio a misturar o candomblé com o catolicismo (como a Irmandade da Boa Morte e a Irmandade dos Homens Pretos) e outras variantes cristãs. Surgiu ali, então, religiões mistas, como o Cabula e a Umbanda. Sobressai, neste campo, a figura cultuada de Mãe Menininha do Gantois, e os terreiros como o Opo Afonjá, além de toda uma cultura que permeia as crenças do povo baiano.

Desde o início do século XX que a Bahia é palco de missões evangélicas protestantes, que redundaram na capital na fundação do Colégio Dois de Julho, e na presença de missionários como Henry John McCall. Hoje todo o estado testemunha o crescimento das múltiplas denominações cristãs.